修复 conda 不能升级的问题

（题图由AI生成）

我笔记本上装的是 Gentoo Linux。为了做各种生物信息学数据分析，我在用户目录里又装了一套 miniconda：用它建虚拟环境很方便，可以给不同的分析任务挑不同版本的 Python，再把各款生物信息学软件要的依赖装齐。

conda 的 channel 挂了 conda-forge、bioconda 和 defaults，平时升级 conda 就是一句 conda update conda，一直好使。最近它不灵了：版本停在 26.3.2，每次运行都会收到一条警告，说最新版是 26.9.4、请升级；照着警告里给的命令再跑一遍，结果还是那句 All requested packages already installed，版本号一动不动。

这篇记录一下排查过程。先说结论：问题的关键是 conda 和它的求解器插件 conda-libmamba-solver 必须一起换版本，而 conda update conda 只点名了其中一个。

一、现象

最小复现是这样的：

 1$ conda update conda
 2Channels:
 3 - conda-forge
 4 - bioconda
 5 - defaults
 6Platform: linux-64
 7Collecting package metadata (repodata.json): done
 8Solving environment: done
 9
10==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
11    current version: 26.3.2
12    latest version: 26.9.4
13
14Please update conda by running
15
16    $ conda update -n base -c conda-forge conda
17
18# All requested packages already installed.
19
20$ conda --version
21conda 26.3.2

还有一点容易误判。那次 update 并不是完全没有动作：事后翻 conda-meta/history，它把 openssl、ca-certificates、certifi 升级了——这三个包属于 aggressive_update_packages，每次求解都会被要求升到最新。也就是说，命令确实完成了求解和安装事务，只是 conda 自己没挪窝。警告和结果并排出现，看起来才像互相矛盾。

二、排除几个猜测

遇到“提示有新版本但升不上去”，能想到的原因大概就那几个，我逐个排掉：

• 镜像数据过期。用的是清华 TUNA 镜像，本地 conda-forge/linux-64 的 repodata 是当天刷新过的，里面已经有 conda 26.9.x，说明不是镜像的问题。
• 被 pin 住了。conda-meta/pinned 和 ~/.conda/pinned 都不存在，pinned_packages 也是空的。
• 新版本装不上。conda install --dry-run conda=26.9.4 能干净地解出方案，说明包在、依赖也不冲突。
• channel 优先级。换成 --override-channels -c conda-forge 单独用 conda-forge，结果一样。

四样都排掉之后，剩下的可能只有一种：命令发出去的求解请求里，压根没有要求 conda 升级。

三、几种写法的差别

同样是升级 conda，换几种写法，结果差别很大：

第一行和最后一行针对的是同一个包，一个什么都不做，一个能做。说明问题不在包本身，而在“命令如何被翻译成求解请求”。

中间那行也是一条有用的信息：conda update 只接受包名，不接受版本号。想要指定版本，只能走 conda install。

四、一对互相约束的包

看一眼新版本 conda 声明了什么依赖：

1$ conda search --info conda=26.9.4
2dependencies:
3  ...
4  conda-libmamba-solver >=26.7.0
5  conda-lockfiles >=0.2.2
6  conda-pypi >=0.13.0
7  conda-rattler-solver >=0.2.0
8  conda-self >=0.3.0
9  ...

conda-libmamba-solver（下文简称 cls）是 conda 现在默认使用的 libmamba 求解器的插件包。这台机器上装的是 26.3.0，而新版 conda 要求 >=26.7.0。反过来看 cls 的新版本，它又要求更新的 conda：

1$ conda search --info conda-libmamba-solver=26.10.1
2dependencies:
3  ...
4  conda >=26.7.1

两个包互相约束，版本必须成对地往上走。升级 conda 这件事，天然带着升级 cls 这件事。

五、update 只点名了一个

conda update conda 的意思是“把 conda 升到最新的兼容版本”。它会点名 conda，但不会顺带把 conda 的依赖也放进升级名单。

我打印过求解器实际收到的任务清单，结构大致是这样：

于是同时存在两条要求：cls 停在 26.3.0，而新的 conda 要求 cls 至少 26.7.0。它们不能同时成立。由于只有被点名的包才承担“升级”的义务，其余包都按现状处理，求解器能交出的自洽结果就是维持原状——conda update 不把这种回落当成失败，于是打印 already installed，而不是报一个依赖冲突。

把 cls 也写进命令就不一样了：它从“保持 26.3.0”变成“被点名要升级”，版本约束解除，两个包可以一起往上走。dry-run 的方案立刻变了：

1conda                              26.3.2 -> 26.9.4
2conda-libmamba-solver              26.3.0 -> 26.10.1
3packaging                            26.0 -> 26.3
4新增 18 个包（conda-self、conda-pypi、conda-rattler-solver……）
5移除 jsonpatch、jsonpointer

--update-deps 之所以也能成功，原因相同：它的实现就是先把被点名包的依赖链整体当成“用户点名的包”，再做一次求解。这相当于自动完成了点名 cls 这一步，代价是把整条依赖链都放开了。

六、解法

最终用的命令是把这一对一起点名：

1conda update -n base -c conda-forge conda conda-libmamba-solver

实际耗时 20 秒左右，结果符合预期：

1$ time conda update -n base -c conda-forge conda conda-libmamba-solver
2...
3real    0m20.248s
4
5$ conda --version
6conda 26.9.4

两个备选方案，看场景选：

• conda install -n base -c conda-forge conda=26.9.4：计划与上面一致，适合明确想锁定某个版本的时候。注意 conda update 不接受版本号。
• conda update -n base -c conda-forge --update-deps conda：不用点名 cls，但会连带动约 90 个包，改动面大得多。

升级完成后，那句“有新版本”的警告自然就消失了。

七、经验

• 静默成功比报错更麻烦。 already installed 只说明没有找到能做的改动，不说明没有可做的事。这次就栽在这儿：命令跑完了，事务也提交了，只有 conda 自己没动。
• 升级核心组件之前，先看依赖的方向。 conda 要 cls 的新版本，cls 又反过来要 conda 的新版本，这种互相咬住的场景，点一个不行，点两个才行。
• --dry-run 是这类问题最便宜的探针。 单独点名看不出变化时，把紧耦合的伙伴一起写进命令再跑一次，两份计划的差异往往直接指出卡点。
• update 和 install 的语义不同。 install 可以接版本号，是硬要求；update 只接包名，是软目标。要“必须到这个版本”，就得用 install。

如果你也卡在类似的“升不上去又不报错”上，可以做一次对照实验：先跑 conda update --dry-run A，再跑 conda update --dry-run A B，其中 B 是 A 的紧耦合依赖。我这台机器上，两次的结果分别是“什么都不做”和“升两个包”，差异就是答案。

参考链接

1. conda update 命令文档
2. conda install 命令文档
3. conda-libmamba-solver 项目主页

注：本文的文字与解决方案均由AI生成，作者本人实测确认可行。