专业概要

北京大学生物信息学博士，拥有 20 年以上的软件工程、AI/ML 平台构建、计算基础设施和生命科学研究的综合经验。曾任职于两家精准医学检测公司，参与肿瘤基因检测、感染微生物检测等相关产品研发和科研课题。2023年创立并以 OPC（One-Person Company）方式运营北京生信助力科技有限公司，以 AI 与生物信息学技术服务于生物医药等相关领域。在创业过程中，在遗传突变致病性解读等应用场景下探索了大语言模型（LLM）的产品研发和落地。擅长在数据工程、AI/ML 与生物学研究之间架设桥梁。

核心能力

  • AI/ML 平台工程：LLM API 调用与集成（OpenAI, DeepSeek），提示词工程，RAG 管道搭建，Agent 工作流编排，模型推理优化与部署
  • 软件工程与基础设施：全栈软件开发（Python, TypeScript, C/C++），Linux 系统编程，HPC 环境管理，Docker/K8s 编排，数据管道设计（ETL/ELT），云服务管理（阿里云, AWS）
  • 药物发现与基因组学：多组学数据整合，生物标志物发现，癌症基因组学，免疫学与数字病理学，遗传变异解读
  • 平台与团队领导力：从零搭建平台（OPC CEO/创始人），此前领导 20+ 人科研团队，跨团队协作，矩阵式管理

工作经历

2023年10月 - 至今

  • 北京生信助力科技有限公司，创始人兼首席执行官
  • 以 OPC（One-Person Company）方式创立并运营公司，独立负责技术方向、项目执行和业务运营。这段经历提供了在优先级判断和端到端问题解决方面的实践锻炼。
  • 配置和管理云端计算资源（包括来自云服务商的 GPU 或 DCU 实例），以支持 AI 相关的实验和开发工作。
  • 探索了大语言模型（LLM）在生物医药领域的应用，特别是在遗传突变致病性解读场景下，包括检索增强生成（RAG）管线、提示词工程和变异分析工作流的原型开发。
  • 承接了软件系统开发、多组学生信数据分析、机器学习建模等业务，服务对象包括科研院所和生物医药企业。

2020年3月 - 2023年9月

  • 先声诊断（Simcere Diagnostics Co., Ltd.），高级生信专家
  • 领导 20+ 人科研团队，与顶级医院合作从事癌症基因组学、免疫治疗疗效预测、感染微生物检测和数字病理学研究。
  • 开发并优化了多组学数据整合和生物标志物发现管线（基因组、转录组、代谢组、表观基因组），搭建了支撑大规模协作研究的计算基础设施。
  • 构建了基于 AI 的免疫治疗疗效预测模型，贡献了 4 项授权/申请专利和多篇同行评审论文。
  • 管理跨职能利益相关者关系（临床、科研和工程团队），在领域特定需求与技术方案之间进行有效翻译和协调。

2015年9月 - 2020年2月

  • 北京臻和科技有限公司（Genecast Biotechnology Co., Ltd.），生物信息学研发经理
  • 从零搭建了生物信息学及 IT 团队，建立了支撑临床肿瘤基因检测产品研发的技术基础设施、计算环境和分析流程。
  • 主导了从零开始的产品研发，包括低频体细胞突变检测和基因融合检测等核心算法的开发。
  • 设计并搭建了后台软件和硬件系统，以支持生产级的生物信息学分析及数据管理。

早期职业经历

  • 中科网威（2010），软件架构师 — Linux 内核防火墙引擎设计
  • 展华科技（2006-2009），开发工程师 — 从零搭建电子病历（EMR）系统
  • 麦克奥迪（2005-2006），软件工程师 — 医学显微镜自动化软件
  • 视翰科技（2003-2005），软件工程师 — 视频点播与在线游戏系统开发

教育背景

  • 2010 - 2017：北京大学，生命科学学院生物信息学中心，博士（生物信息学）
  • 1999 - 2003：厦门大学，生命科学学院，学士（生物科学）

学术论文

  1. Liu M, Yang M, Zhang B, Xia S, Zhao J, Yan L, Ren Y, Guo H, and Zhao J. PCDH11X mutation as a potential biomarker for immune checkpoint therapies in lung adenocarcinoma. Journal of Molecular Medicine. 2024;102:899-912. doi:10.1007/S00109-024-02450-8.
  2. Xu J, Hu Y, Zhao J, Kong X, Xia S, Dai S, Ding L, Bu T, Cao Y, Liu M, Yan L, Xiao Q, Guo H, Yuan Y, Xu D, Ding K. Single-cell sequencing reveals alterations in the peripheral blood mononuclear cell landscape and monocyte status during colorectal adenocarcinoma formation. Clinical and Translational Medicine. 2024;14;e1609. doi:10.1002/ctm2.1609.
  3. Wu X, Yan H, Qiu M, Qu X, Wang J, Xu S, Zheng Y, Ge M, Yan L, and Liang L. Comprehensive characterization of tumor microenvironment in colorectal cancer via molecular analysis. eLife. 2023;12:e86032. doi:10.7554/eLife.86032.
  4. Shan N, Lu Y, Guo H, Li D, Jiang J, Yan L, Gao J, Ren Y, Zhao X, Hou L. CITEdb: a manually curated database of cell-cell interactions in human. Bioinformatics. 2022;38(22):5144-5148. doi:10.1093/bioinformatics/btac654.
  5. Liu M, Xia S, Zhang X, Zhang B, Yan L, Yang M, Ren Y, Guo H, Zhao J. Development and validation of a blood-based genomic mutation signature to predict the clinical outcomes of atezolizumab therapy in NSCLC. Lung Cancer. 2022;170:148-155. doi:10.1016/j.lungcan.2022.06.016.
  6. Wang S, Yang Y, Li L, Ma P, Jiang Y, Ge M, Yu Y, Huang H, Fang Y, Jiang N, Miao H, Guo H, Yan L, Ren Y, Sun L, Zha Y, Li N. Identification of Tumor Antigens and Immune Subtypes of Malignant Mesothelioma for mRNA Vaccine Development. Vaccines. 2022;10(8):1168. doi:10.3390/vaccines10081168.
  7. Xu B, Lu M, Yan L, Ge M, Ren Y, Wang R, Shu Y, Hou L, Guo H. A Pan-Cancer Analysis of Predictive Methylation Signatures of Response to Cancer Immunotherapy. Frontiers in Immunology. 2021;12. doi:10.3389/fimmu.2021.796647.
  8. Zhao B, Wu Q, Ye AY, Guo J, Zheng X, Yang X, Yan L, Liu Q, Hyde TM, Wei L, Huang AY. Somatic LINE-1 retrotransposition in cortical neurons and non-brain tissues of Rett patients and healthy individuals. PLOS Genetics. 2019;15(4):e1008043. doi:10.1371/journal.pgen.1008043.
  9. Yang CH, Li JR, Wu QX, Yang XX, Huang AY, Zhang J, Ye AY, Dou YM, Yan L, Zhou WZ, Kong L, Wang M, Ai C, Yang DC, Wei LP. AutismKB 2.0: a knowledgebase for the genetic evidence of autism spectrum disorder. Database, 2018. doi:10.1093/database/bay106.
  10. Dou YM, Yang XX, Li ZY, Wang S, Zhang Z, Ye AY, Yan L, Yang CH, Wu QX, Li JR, Zhao BX, Huang AY, Wei LP. Post-zygotic single-nucleotide mosaicisms contribute to the etiology of autism spectrum disorder and autistic traits and the origin of mutations. Human Mutation, 2017;38:1002-1013. doi:10.1002/humu.23255.
  11. Huang AY, Zhang Z, Ye AY, Dou YM, Yan L, Yang XX, Zhang YH, Wei LP. MosaicHunter: accurate detection of postzygotic single-nucleotide mosaicism through next-generation sequencing of unpaired, trio, and paired samples. Nucleic Acids Research, 2017;45(10):e76-e76. doi:10.1093/nar/gkx024.
  12. Huang AY, Xu XJ, Ye AY, Wu QX, Yan L, Zhao BX, Yang XX, He Y, Wang S, Zhang Z, Gu BW, Zhao HQ, Wang M, Gao H, Gao G, Zhang ZC, Yang XL, Wu XR, Zhang YH, Wei LP. Postzygotic single-nucleotide mosaicisms in whole-genome sequences of clinically unremarkable individuals. Cell Research, 2014;24:1311-1327. doi:10.1038/cr.2014.131.

会议论文：

  1. Hong YY, …, Yan L, et al. Validation of a comprehensive cancer genomic profiling assay. J Clin Oncol (ASCO 2019).
  2. Sun X, Fan LY, Yan L, et al. Deliver Bioinformatics Services in Public Cloud: Challenges and Research Framework. IEEE ICEBE, 2011.

发明专利

  1. 郭昊、……、颜林林、等. 基于 DNA 甲基化谱的肿瘤免疫检查点抑制剂治疗有效性评估模型的构建方法. CN 112735513 A.
  2. 刘满姣、郭昊、颜林林、等. PCDH11X 突变在预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性中的应用. CN 113355424 B.
  3. 刘满姣、颜林林、等. PCDHGB1 突变在预测肺腺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性中的应用. CN 113403399 B.
  4. 刘满姣、……、颜林林、等. 基于 bGMS 预测非小细胞肺癌免疫治疗疗效. CN 114242157 A.

开源软件作品

资格认证

  • 项目管理专业人士（PMP）：PMI ID: 6935481，2021年认证
  • 国际遗传咨询认证：香港中文大学、贝勒医学院、北京协和医院联合认证，2019年

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