我的作品

1. 开源软件项目

1.1 网站系统

• paper-hub.cn: 一个在线文献收藏与分享平台 [源码]

• 专题文献自动跟踪系统（根据PubMed数据持续自动更新，用于聚焦领域前沿进展）：

  • biomed-dl.bioinfo-assist.com: 深度学习在生物医药领域中的应用[源码]
  • single-cell-papers.bioinfo-assist.com: 单细胞与空转测序相关文章 [源码]
  • synthetic-biology-papers.bioinfo-assist.com: 合成生物学相关文章 [源码]
  • biological-computing-papers.bioinfo-assist.com:生物计算机与DNA存储相关文章 [源码]

1.2 命令行工具

• seqpipe：自动对分析过程命令行及结果做详细记录的流程框架
• tsv：一个处理TSV格式文件的命令行工具

1.3 R

R包：

• ggturtle：基于ggplot，实现LOGO语言的绘图功能
• ggvenn：基于ggplot的维恩图绘制R包

游戏：

• link-game-in-r：R语言版连连看游戏
• r-2048：R语言版2048游戏
• kids.typing：用R语言手工打造的供娃练指法的小程序

1.4 C++

软件：

• icpp：解释执行C++代码
• x86-debug：仿写MS-DOS下的DEBUG.EXE程序，解释执行x86机器指令

类库：

• color-printf：提供彩色文本打印
• cpp-webui：借用HTML/JS前端技术，帮助C++实现图形界面
• rational-number：封装有理数类型，用于精确表示有理数

代码片段：

• cpp-apply：在C++中对函数向量化，以简化调用代码的写法
• eval-exp：表达式字符串解析实例代码

1.5 其他

• yanll-gentoo-overlay：我自己使用的gentoo软件仓库overlay，用于加入一些官方portage tree中未收录的软件包
• leetcode: 我的leetcode（力扣）刷题记录

2. 数据分析

2.1. 方法论

• How I Construct My Data Projects: 数据项目的目录组织结构

2.2. 案例

• Alive-Daytime：收集笔记本电脑的运行日志时间，并对其进行可视化（更新结果）
• 900-Cells：按月绘制人生格子
• Color-Filling：颜色填充的一道算法题
• Curves：尝试画几条交织在一起的正弦曲线
• Plot-Letters-in-Circle：R语言代码，将字母按圆圈排布
• How-Long-Will-I-Live：根据人口普查数据，估算不同年龄和性别未来的存活概率
• Balls-and-Boxes：一个概率的小问题，尝试往一百个篮子扔一百个球，看多大比例的篮子不为空
• Tensor-on-PubMed：统计近几年TensorFlow和PyTorch在PubMed上发表的论文数
• Count-Code-Lines：统计我近几年不同语言每天的提交代码行数分布情况
• Comp-Lang-Years：展示我自己使用各种语言的最早和最晚时间
• Bioinfo-Papers：对PubMed上发表的生物信息论文进行统计
• Life-Game：元胞自动机的生命游戏
• How-Many-PubMed-Results-by-Year：不同词汇在PubMed中出现的次数变化
• Alive-Daytime：收集笔记本电脑的运行日志时间，并对其进行可视化
• Compare-Two-Pages：用点阵图做两个页面的相似度比较
• Polynomial-Regression：用多项式回归展示过拟合
• Search-Engines：用热图展示几个搜索引擎互相搜索对方的结果情况
• My-Git-Commit-Time：我的Git提交时间在每天什么时间段的统计
• Burn-Down-Chart-of-2018-Year：2018年我的“每年百本”读书计划完成情况燃尽图

3. 其他

3.1 PPT分享

• 2024-03-21 - GitHub简介
• 2023-04-17 - Git与GitHub简介

3.2 在线分享（视频）

• 2022-07-23 - 文献学习：用DNA分子实现生物计算机