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颜林林的个人简历

基本情况

本人是一名生物信息学专业方向的从业者，拥有丰富的高通量测序、软件开发和数据分析经验。自2010年在北京大学攻读博士学位起，就一直在从事生信研究、组学数据分析和生信软件开发等工作。博士毕业后，先后受聘于两家精准医学企业，带领团队开发临床肿瘤基因检测产品、优化其生信工具算法，并于2023年创建了北京生信助力科技有限公司，致力于充分发挥生信专业所长，助力生命科学相关研究。

教育背景

  • 2010 - 2017，攻读博士学位，生物信息学专业，北京大学生命科学学院生物信息学中心
  • 1999 - 2003，攻读学士学位，生物科学专业，厦门大学生命科学学院

工作经历

2023年10月 – 现在

  • 北京生信助力科技有限公司，任创始人兼首席执行官
  • 创立并运行一家专注于生物信息学数据分析、临床数据挖掘和软件开发的公司
  • 开发用于科学和医学项目的高性能计算和深度学习算法

2020年3月 – 2023年9月

  • 北京先声医学检验实验室有限公司，任生物信息学专家
  • 领导一个由20多名研究人员组成的科研团队，与郑州大学第一附属医院、中国医学科学院肿瘤医院、南方医科大学南方医院等单位合作，从事癌症基因组、免疫治疗、数字病理学等临床应用研究
  • 开发和优化生物信息学算法和流程，用于基因组、转录组、代谢组、甲基化组等多组学数据整合和生物标志物发现

2015年9月 – 2020年2月

  • 北京臻和科技有限公司，任生物信息学研发经理
  • 领导生物信息学团队开展临床肿瘤基因检测产品的研发和应用，开发低频体细胞突变检测、基因融合检测等算法

主要技能

  • 拥有管理高性能计算环境的全面知识，包括设计、部署和维护用于大规模多组学数据处理的服务器集群
  • 具有前端和后台软件开发经验，熟悉Linux系统，能灵活运用Python、C/C++、R、Perl等编程语言，基于Django、boostrap.js、Vue.js等框架，开发用于支持科研的各类软件系统
  • 掌握常见的统计方法和机器学习方法，熟悉scikit-learn、TensorFlow、PyTorch等机器学习/深度学习软件库
  • 积累了生物信息和多组学分析流程和工具整合经验，开发了如ggvenn、SeqPipe、Fuseek等软件包，并基于ImageJ、HistomicsTK开发了整套patch-level病理图像分析流程
  • 具有一定的项目组织和管理经验，善于和临床医师合作

资格认证

  • 项目管理专业人士（PMP）：认证日期：2021 年 6 月 20 日，PMI ID: 6935481
  • 遗传咨询认证：完成国际遗传学和遗传咨询培训（2018年10月 - 2019年3月），由香港中文大学、贝勒医学院、北京协和医院和中国优生优育协会联合举办并认证， http://www.cigcc.cn/

主要论文

  1. Wu X，Yan H，Qiu M，Qu X，Wang J，Xu S，Zheng Y，Ge M，Yan L，and Liang L. Comprehensive characterization of tumor microenvironment in colorectal cancer via molecular analysis. eLife. 2023;12:e86032.
  2. Shan N，Lu Y，Guo H，Li D，Jiang J，Yan L，Gao J，Ren Y，Zhao X，Hou L. CITEdb: a manually curated database of cell-cell interactions in human. Bioinformatics. 2022;38(22):5144-5148.
  3. Liu M，Xia S，Zhang X，Zhang B，Yan L，Yang M，Ren Y，Guo H，Zhao J. Development and validation of a blood-based genomic mutation signature to predict the clinical outcomes of atezolizumab therapy in NSCLC. Lung Cancer. 2022;170:148-155.
  4. Wang S，Yang Y，Li L，Ma P，Jiang Y，Ge M，Yu Y，Huang H，Fang Y，Jiang N，Miao H，Guo H，Yan L，Ren Y，Sun L，Zha Y，Li N. Identification of Tumor Antigens and Immune Subtypes of Malignant Mesothelioma for mRNA Vaccine Development. Vaccines. 2022;10(8):1168.
  5. Xu B，Lu M，Yan L，Ge M，Ren Y，Wang R，Shu Y，Hou L，Guo H. A Pan-Cancer Analysis of Predictive Methylation Signatures of Response to Cancer Immunotherapy. Frontiers in Immunology. 2021;12.
  6. Zhao B，Wu Q，Ye AY，Guo J，Zheng X，Yang X，Yan L，Liu Q，Hyde TM，Wei L，Huang AY. Somatic LINE-1 retrotransposition in cortical neurons and non-brain tissues of Rett patients and healthy individuals. PLOS Genetics. 2019;15(4):e1008043.

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