基本情况

生物信息学专业从业者，拥有10余年高通量测序、软件开发和数据分析经验。自2010年在北京大学攻读博士学位起，专注于生信研究、组学数据分析和生信软件开发。博士毕业后，先后在两家精准医学企业担任技术领导职务，带领团队开发临床肿瘤基因检测产品、优化生信算法，并于2023年创立北京生信助力科技有限公司，致力于充分发挥生信专业优势，助力生命科学研究。近年来专注于人工智能和大模型在生物信息学领域的应用探索，开发基于大模型的智能软件平台，以推动相关研究应用领域的智能化发展。

教育背景

  • 2010 - 2017，生物信息学专业博士，北京大学生命科学学院生物信息学中心
  • 1999 - 2003，生物科学专业学士，厦门大学生命科学学院

工作经历

2023年10月 – 现在

  • 北京生信助力科技有限公司，创始人兼首席执行官
  • 创立并运营专注于生物信息学数据分析、临床数据挖掘和软件开发的公司，开发用于科学和医学项目的高性能计算和深度学习算法
  • 基于大语言模型开发ACMGator等智能软件平台，实现突变致病性评级的自动化解读，并探索LLM在基因组注释、文献挖掘、临床决策支持等生物信息学领域的应用创新

2020年3月 – 2023年9月

  • 北京先声医学检验实验室有限公司，生物信息学专家
  • 领导20余人科研团队，与郑州大学第一附属医院、中国医学科学院肿瘤医院、南方医科大学南方医院等单位合作，从事癌症早筛、免疫治疗、数字病理学等临床应用研究
  • 开发和优化生物信息学算法和流程，用于基因组、转录组、代谢组、甲基化组等多组学数据整合和生物标志物发现

2015年9月 – 2020年2月

  • 北京臻和科技有限公司，生物信息学研发经理
  • 领导生物信息学团队开展临床肿瘤基因检测产品的研发和应用，开发低频体细胞突变检测、基因融合检测等算法

主要技能

  • 高性能计算：拥有管理高性能计算环境的全面知识，包括设计、部署和维护用于大规模多组学数据处理的服务器集群
  • 软件开发：具有前端和后台软件开发经验，熟悉Linux系统，熟练运用Python、C/C++、R、Perl等编程语言，基于Django、Bootstrap.js、Vue.js等框架开发科研软件系统
  • 机器学习和统计：精通统计分析和机器学习方法，熟练运用scikit-learn、TensorFlow、PyTorch等框架进行生物标志物发现和预测模型构建
  • 大语言模型应用：深入探索LLM在生物信息学领域的应用，开发ACMGator等基于大模型的智能软件平台，实现突变致病性评级、基因组注释、文献挖掘等任务的自动化处理
  • 生物信息学工具开发：积累了丰富的生物信息和多组学分析流程开发经验，开发了ggvenn、SeqPipe、Fuseek等软件包，并基于ImageJ、HistomicsTK开发了整套patch-level病理图像分析流程
  • 项目管理：具备丰富的项目组织和管理经验，善于与临床医师和科研团队协作

资格认证

  • 项目管理专业人士（PMP）：认证日期：2021年6月20日，PMI ID: 6935481
  • 遗传咨询认证：完成国际遗传学和遗传咨询培训（2018年10月 - 2019年3月），由香港中文大学、贝勒医学院、北京协和医院和中国优生优育协会联合举办并认证

发表论文

  1. Liu M, Yang M, Zhang B, Xia S, Zhao J, Yan L, Ren Y, Guo H, and Zhao J. PCDH11X mutation as a potential biomarker for immune checkpoint therapies in lung adenocarcinoma. Journal of Molecular Medicine. 2024;102:899-912. doi: 10.1007/S00109-024-02450-8.
  2. Xu J, Hu Y, Zhao J, Kong X, Xia S, Dai S, Ding L, Bu T, Cao Y, Liu M, Yan L, Xiao Q, Guo H, Yuan Y, Xu D, Ding K. Single-cell sequencing reveals alterations in the peripheral blood mononuclear cell landscape and monocyte status during colorectal adenocarcinoma formation. Clinical and Translational Medicine. 2024;14;e1609. doi: 10.1002/ctm2.1609.
  3. Wu X, Yan H, Qiu M, Qu X, Wang J, Xu S, Zheng Y, Ge M, Yan L, and Liang L. Comprehensive characterization of tumor microenvironment in colorectal cancer via molecular analysis. eLife. 2023;12:e86032. doi: 10.7554/eLife.86032.
  4. Shan N, Lu Y, Guo H, Li D, Jiang J, Yan L, Gao J, Ren Y, Zhao X, Hou L. CITEdb: a manually curated database of cell-cell interactions in human. Bioinformatics. 2022;38(22):5144-5148. doi: 10.1093/bioinformatics/btac654.
  5. Liu M, Xia S, Zhang X, Zhang B, Yan L, Yang M, Ren Y, Guo H, Zhao J. Development and validation of a blood-based genomic mutation signature to predict the clinical outcomes of atezolizumab therapy in NSCLC. Lung Cancer. 2022;170:148-155. doi: 10.1016/j.lungcan.2022.06.016.
  6. Wang S, Yang Y, Li L, Ma P, Jiang Y, Ge M, Yu Y, Huang H, Fang Y, Jiang N, Miao H, Guo H, Yan L, Ren Y, Sun L, Zha Y, Li N. Identification of Tumor Antigens and Immune Subtypes of Malignant Mesothelioma for mRNA Vaccine Development. Vaccines. 2022;10(8):1168. doi: 10.3390/vaccines10081168.
  7. Xu B, Lu M, Yan L, Ge M, Ren Y, Wang R, Shu Y, Hou L, Guo H. A Pan-Cancer Analysis of Predictive Methylation Signatures of Response to Cancer Immunotherapy. Frontiers in Immunology. 2021;12. doi: 10.3389/fimmu.2021.796647.
  8. Zhao B, Wu Q, Ye AY, Guo J, Zheng X, Yang X, Yan L, Liu Q, Hyde TM, Wei L, Huang AY. Somatic LINE-1 retrotransposition in cortical neurons and non-brain tissues of Rett patients and healthy individuals. PLOS Genetics. 2019;15(4):e1008043. doi: 10.1371/journal.pgen.1008043.
  9. Yang CH, Li JR, Wu QX, Yang XX, Huang AY, Zhang J, Ye AY, Dou YM, Yan L, Zhou WZ, Kong L, Wang M, Ai C, Yang DC, Wei LP. AutismKB 2.0: a knowledgebase for the genetic evidence of autism spectrum disorder. Database, 2018. doi: 10.1093/database/bay106.
  10. Dou YM, Yang XX, Li ZY, Wang S, Zhang Z, Ye AY, Yan L, Yang CH, Wu QX, Li JR, Zhao BX, Huang AY, Wei LP. Post-zygotic single-nucleotide mosaicisms contribute to the etiology of autism spectrum disorder and autistic traits and the origin of mutations. Human Mutation, 2017;38:1002-1013. doi: 10.1002/humu.23255.
  11. Huang AY, Zhang Z, Ye AY, Dou YM, Yan L, Yang XX, Zhang YH, Wei LP. MosaicHunter: accurate detection of postzygotic single-nucleotide mosaicism through next-generation sequencing of unpaired, trio, and paired samples. Nucleic Acids Research, 2017;45(10):e76–e76. doi: 10.1093/nar/gkx024.
  12. Huang AY, Xu XJ, Ye AY, Wu QX, Yan L, Zhao BX, Yang XX, He Y, Wang S, Zhang Z, Gu BW, Zhao HQ, Wang M, Gao H, Gao G, Zhang ZC, Yang XL, Wu XR, Zhang YH, Wei LP. Postzygotic single-nucleotide mosaicisms in whole-genome sequences of clinically unremarkable individuals, Cell Research, 2014;24:1311-1327, doi: 10.1038/cr.2014.131.

联系方式

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