从事生信工作，究竟是远见者，还是工具人？
导言： ……
Image （题图来自网络）
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先讲个生物学领域里的经典故事。
“山上住着两位已经退休的生物学家，一位是遗传学家，另一位是生化学家。山下有一家汽车厂，每天一早人群涌进厂里开始工作，而后一辆辆新车便从厂里开出。这天，两位生物学家突然好奇起该汽车厂是如何工作的。
“于是，生化学家拉回一辆新车，将其碾碎、称重、分析，进而得出汽车的组成：60%钢铁、25%塑料、10%玻璃……而后，他开始尝试将这些原料混合起来，看是否能重现汽车的某些功能。
“遗传学家则早早蹲到汽车厂入口，趁着他们进厂时，随机拦下某个工人，把他的双手捆起来，才放进厂去，然后他观察接下来出厂的车，他发现这些车都没了车灯，于是他知道这个工人干的活是就是为汽车装配车灯。第二天，他换了另一个工人，用同样的捆手方法，搞清了他是负责装挡风玻璃的。第三天，他换了个西装革履的人（这人其实是副总裁），他诧异地发现这一天出厂的汽车竟然没有任何缺陷，于是他明白了，这个人对汽车生产根本没啥用。”
这个故事，属于在采用不同研究方法的生物学家之间，互相嘲讽及自嘲的玩笑。听众需要一些专业知识，才能很好地理解其笑点，也才会明白，我们对生物学的研究和追求，其实有多不容易。
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我第一次听这个故事，是十年前在北大读研时，在一门最优质的专业课上听到的。那门课叫做“高级分子生物学讲座”，也叫“bio2000”，是生科院的必修课，它由饶毅等人自2000年发起，并由北大、清华及中科院上海生科院每年联合举办。
课程每周都会邀请生命科学领域内的优秀科学家（绝大多数身在美国），飞越大洋，辗转北京和上海，连续两个上午，介绍某个领域专题，前一个上午是相对基础的知识铺垫，后一个上午则是最新前沿研究，且往往是这位科学家的实验室正在开展的工作。
虽然当时很多时候，我并未能完全理解课上提到的种种术语，但课程内容的系统性和前沿性，依然让我大开眼界、醍醐灌顶。不知道这门课现在是否仍在继续，如果还有，强烈建议抓住机会多多参与旁听，定会受益匪浅。
而上述故事，原文其实比我简述的更生动，而且是有续集的。感兴趣的不妨通过链接前往原文读读：http://www2.biology.ualberta.ca/locke.hp/dougandbill.htm
或者，也可以在知乎上找到相应的中译版本：https://zhuanlan.zhihu.com/p/438519343
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之所以提及这个故事，是因为它生动地展示了生物学中不同分支学科之间的思维方式差异。其实每种研究方法策略都必定有其假设前提、优势和劣势。想要寻找一个避免盲人摸象的通用方法，除了仅仅是务虚地侃侃而谈外，几乎是不可能的。
于是，我们只能尝试了解不同学科的差异和互补之处，从而尽量避免偏见，尽量一步步接近真相。这正是跨学科研究的魅力和价值所在。类似的现象，在学科之间是普遍存在的。即使学科内，比如同是遗传学，正向遗传学和反向遗传学方法，也往往体现了不同研究者在风格上的各自偏好。
上大学时，曾听一位师兄描绘：生物学的三大支柱基础专业课，乃是遗传、生化与细胞。在上面的故事中，遗传和生化，都未曾考虑细胞层面的内容。有句最经典的“细胞只能来自于细胞”，这个命题至今未被突破。这带来了in vivo（体内实验）与in vitro（体外实验）的差别。生信与这些传统生物学科之间，又带来了所谓wet lab（湿实验）与dry lab（干实验）的区别，或者说提供了in silico的新研究体系。
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当年在bio2000课上，讲故事的老师正是一位遗传学家，于是当时的故事让我们听来，会觉得生化学家采取的“碾碎研究法”颇为滑稽，而遗传学家的“捆手研究法”（对应到生物学中的敲除实验），相比之下，则显得特别机智和精巧。由此得到的take home message（核心观点）是：在对研究对象几乎一无所知的学科发展早期，遗传学能够帮助建立大框架，从功能上进行理解和突破；当框架基本建立完善后，生化等方法才能发挥用武之处，对细节进行修补完善；这种时间上的交错，让学科能够彼此取长补短。
相对于遗传学的框架建立能力，生物信息学其实更进一步，高通量技术的突飞猛进，促进了生信理论和技术的相应迅速发展，提供海量数据的处理方法及能力的同时，也加速了生物学研究框架建立的能力。的确，生物信息学与遗传学，或者说分子遗传学，是有更紧密的联系的。
如今，生信工作经常被人误解为跑跑流程，画画图。但其实生信的很大部分内容，是基因组学和后基因组时代的多组学，以及由这些组学所代表并蕴涵的背后生物学机制和逻辑。如今又深入到单细胞多组学，甚至亚细胞水平。加上人工智能技术的渗透和应用。生信能够成为整合这种种学科，并在独特的更全面的视角下，提供卓越远见的见地和认识，帮助其他分支学科前行。要做到这些，需要我们这些做生信的，首先不局限自己视野，别为了完成任务而完成任务，需要多思考，并尽可能回归初心，循着前人们的方向，不断追寻（可参见我前一篇《“不忘初心”，其实是做项目的基本要求》）。
从事生信工作，究竟是远见者，还是工具人？尽管常被鄙视为后者，但我仍满怀信心，我们终会成为前者，因为这是生信这门学科的本质特性所决定的想象和发展空间。
注：本文首发表于“不靠谱颜论”公众号，并同步至本站。 s