不靠谱颜论
轻松上手用R语言绘制漂亮的维恩图
相信各位跟我一样，都曾遇到过这种情况：手上有几组数据，想快速画个维恩图出来，贴到报告中，于是上网搜索，找到一大堆工具，好不容易从中选出一个，学会其用法，也把数据成功转成所需格式，画出图来，却发现还得手动调整各种配色，然后，大半天就过去了……
几次折腾之后，我终于决定自己写一个R包，来快速且方便地绘制维恩图。因为是基于ggplot2实现，所以索性取名ggvenn。最近，我把这个R包成功提交到了CRAN上，安装使用起来就更方便了。
下面就直接进入正题，介绍如何快速上手使用ggvenn。
1、安装
首先是安装：
1install.packages("ggvenn")安装完成后，将其载入，就可以开始绘制维恩图了：
1library(ggvenn)2、基本用法
ggvenn支持两种类型的数据作为输入，一种是list类型（每个集合以向量形式保存在list中）：
1a <- list(`Set 1` = c("apple", "pear", "peach"),
2 `Set 2` = c("apple", "lemon"))
3ggvenn(a)
另一种是data.frame类型（每个集合以logical列的形式，记录该集合中是否存在某元素）：
1d <- data.frame(name = c("apple", "pear", "lemon", "peach"),
2 A = c(TRUE, TRUE, FALSE, TRUE),
3 B = c(TRUE, FALSE, TRUE, TRUE))
4ggvenn(d)
上面展示的两种情况，ggvenn都会自动选取list中的前2-4个元素（或data.frame中的前2-4列logical类型列），作为需要展示的集合，绘制维恩图。
如果需要展示的集合，并不排在list或data.frame的前面，或者需要手动控制集合的先后顺序，可以使用第二个参数来具体指定：
1a <- list(dummy = NA, A = 1:9, B = 7:11,
2 dummy2 = "", C = seq(2,10,2), D = seq(3,12,3))
3ggvenn(a, c("A", "B", "C", "D"))
掌握上述方法，基本可以应对大多数常见情况了。
3、ggplot2方式用法
在ggvenn包中，扩展了ggplot2，提供了geom_venn()，可以在aes()指定A、B、C和D（其中C和D可选），来指定集合信息所在列。
对于这种用法，甚至可以直接向A、B、C和D指定logical运算结果，如：
1d <- data.frame(value = 1:9)
2ggplot(d) +
3 geom_venn(aes(A = (value > 5),
4 B = (value %% 2 == 0),
5 C = (value >= 3 & value <= 6))) +
6 coord_fixed() +
7 theme_void()
4、其他参数
此外，为了帮助用户进一步调整维恩图的展示细节，ggvenn提供了如下参数：
| 参数 | 用途 | 缺省值 |
|---|---|---|
fill_color |
填充色 | c("blue", "yellow", "green", "red") |
fill_alpha |
填充透明度 | 0.5 |
stroke_color |
线条颜色 | “black” |
stroke_alpha |
线条透明度 | 1 |
stroke_size |
线条粗细 | 1 |
stroke_linetype |
线条类型 | “solid” |
set_name_color |
集合名字体颜色 | “black” |
set_name_size |
集合名字体大小 | 6 |
text_color |
文字字体颜色 | “black” |
text_size |
文字字体大小 | 4 |
show_elements |
是否显示集合内容 | FALSE |
label_sep |
显示集合内容时所用分隔字符 | “,” |
show_percentage |
是否显示百分比 | TRUE |
digits |
百分比的小数位数 | 1 |
上述参数来自当前版本（v0.1.8），后续若有更新，请参考R包的帮助信息。具体可以使用如下命令查看：
1library(help = ggvenn)
2?ggvenn
3?geom_venn5、关于ggvenn实现
开发ggvenn包，我最初的主要目的，是为了方便自己使用，使能应付最常见的list和data.frame数据类型，而无需来回做各种格式转化。同时，其形状和缺省配色参考了在线工具Venny，一般不需要做更多调整，结果图片看起来就挺漂亮的。当然，ggvenn在实现上也有一些不足，比如：
- 展示方式固定；
- 只支持2-4种集合；
- 图形面积大小始终都相同。
之所以这样，除了为简化实现外，主要是考虑：在统计图中，通常要展示数量的相对大小关系，首选都会使用图形元素的位置或长度（如散点图和柱状图），而不是面积，因为后者容易引起误解（比如面积相差两倍的图形，其边长并不是相差两倍的关系）。
至于超过4个的集合数，则推荐改用UpSet图的展示形式了。
6、后记
除了ggvenn，网上确实也有不少绘制维恩图的R包，很可能由于我调研不够充分，忽略了其他好用的同类R包（比如高老师的ggVennDiagram），而重新发明了轮子。不过既然已经写了，也就不妨发布出来，万一不同用户有各自不同的偏好选择呢。
最后，如果大家喜欢，也欢迎提出意见和建议，可以在GitHub上给我提issue或PR：https://github.com/yanlinlin82/ggvenn/issues（可点击文末“查看原文”打开此链接）
注：本文首发表于“不靠谱颜论”公众号，并同步至本站。