用R画分子结构式与氨基酸表

这个学期到北大听罗静初老师的ABC课，又学到了不少东西。其中有一次，他向我们展示了一张他精心排列的氨基酸表（该表的布局体现了各编码氨基酸的多方面性质和关系，估计会在他的新书中发表），让我印象颇为深刻，于是这些天我也模仿着自己排列了一次。由于对绘制分子结构式的软件我都不太了解，加上最近正好在研究R语言，所以就决定用R来尝试着练练手。

分享一下结果：

简单说明一下：

总体的思路，是按照氨基酸大小，从左到右、从上到下逐渐增大的顺序进行的，并让结构或性质相近的氨基酸尽量靠近。

1. 首先，按行看，是根据侧链原子数（不包含氢）大小来排列的，第一行是0 ~ 2，第二行是3 ~ 4（Pro因为这个被放到这一行，并与Gly同在第一列），第三行是4 ~ 5（除了吡咯赖氨酸因为是由赖氨酸衍生而放在赖氨酸旁边），第四行是4 ~ 7，第五行则是更大的芳香族及含杂环的氨基酸。

2. 其次，按列看，第一列只有Gly和Pro，都是比较特殊的小氨基酸，并往往对蛋白结构有影响（比如导致螺旋中断等）；第二列都是疏水的脂肪族侧链的氨基酸（除Phe是芳香族外）；第三列则是侧链含氧（羟基、羧基、酚羟基）；第四列则是侧链含硫或氮；第五列则是碱性氨基酸（与第三列的酸性氨基酸相呼应）。而Trp与His因为都含有一个五元环，所以把它们排到了一起。

3. 另外，在氨基酸表中采用这种分子结构式，也是模仿的罗老师在课上展示的画法，并且它对于记忆这二十多种氨基酸的结构的确很有帮助。

另外，根据各种性质标出表中部分氨基酸的图片：aa.pdf

所写的用来生成图片的R代码：

• DrawMolecule.R
• AminoAcids.R
• DrawAminoAcids.R