颜林林的个人网站

Linlin Yan's Personal Website

颜林林的个人简历

  • 性别:男
  • 出生年月:1982年4月
  • 婚姻状态:已婚
  • 学历:理学博士(生物信息学专业)
  • 手机/微信:137-1678-2306
  • 邮箱:yanlinlin82@gmail.com

个人评价

我自认是个自律且上进的人,喜欢钻研技术,并期望学以致用,与志同道合者一起,充分发挥自己的优势,为他人提供更多帮助,进而实现人生的自我价值。

教育经历

  • 2010/9 - 2017/7,北京大学 生命科学学院,硕博连读(生物信息学)
  • 1999/9 - 2003/7,厦门大学 生命科学学院,本科(生物科学)

工作经历

  • 2015/9 - 至今,臻和(北京)科技有限公司

    行业:肿瘤基因检测/精准医疗
    职位:生信部门负责人/生信研发经理

  • 2010/1 - 10/8,北京中科网威信息技术有限公司

    行业:网络信息安全
    职位:软件架构师(产品架构设计与实现)

  • 2006/5 - 09/1,北京展华科技有限公司

    行业:医疗信息系统
    职位:软件架构师(产品架构设计与实现)

  • 2005/2 - 06/4,厦门麦克奥迪实业集团有限公司

    行业:医学/工业/显微成像
    职位:软件工程师(产品与核心算法维护)

  • 2003/7 - 05/1,北京视翰科技有限公司

    行业:互联网技术/流媒体技术
    职位:软件工程师(产品集成与维护)

已发表学术论文

  • Boxun Zhao, Qixi Wu, Adam Yongxin Ye, Jing Guo, Xianing Zheng, Xiaoxu Yang, Linlin Yan, Qing-Rong Liu, Thomas M. Hyde, Liping Wei, August Yue Huang. Somatic LINE-1 retrotransposition in cortical neurons and non-brain tissues of Rett patients and healthy individuals. PLOS Genetics, 2019;15(4). doi:10.1371/journal.pgen.1008043. (2019 IF: 6.100)
  • Changhong Yang, Jiarui Li, Qixi Wu, Xiaoxu Yang, August Yue Huang, Jie Zhang, Adam Yongxin Ye, Yanmei Dou, Linlin Yan, Wei-zhen Zhou, Lei Kong, Meng Wang, Chen Ai, Dechang Yang, Liping Wei. AutismKB 2.0: a knowledgebase for the genetic evidence of autism spectrum disorder. Database, 2018. doi:10.1093/database/bay106. (2019 IF: 3.683)
  • Yanmei Dou, Xiaoxu Yang, Ziyi Li, Sheng Wang, Zheng Zhang, Adam Yongxin Ye, Linlin Yan, Changhong Yang, Qixi Wu, Jiarui Li, Boxun Zhao, August Yue Huang, Liping Wei. Post-zygotic single-nucleotide mosaicisms contribute to the etiology of autism spectrum disorder and autistic traits and the origin of mutations. Human Mutation, 2017;38:1002-1013. doi: 10.1002/humu.23255. (2016 IF: 5.089)
  • August Yue Huang, Zheng Zhang, Adam Yongxin Ye, Yanmei Dou, Linlin Yan, Xiaoxu Yang, Yuehua Zhang, Liping Wei. MosaicHunter: accurate detection of postzygotic single-nucleotide mosaicism through next-generation sequencing of unpaired, trio, and paired samples. Nucleic Acids Research. 2017;45(10):e76–e76. doi: 10.1093/nar/gkx024. (2016 IF: 10.162)
  • August Yue Huang, Xiaojing Xu, Adam Yongxin Ye, Qixi Wu, Linlin Yan, Boxun Zhao, Xiaoxu Yang, Yao He, Sheng Wang, Zheng Zhang, Bowen Gu, Hanqing Zhao, Meng Wang, Hua Gao, Ge Gao, Zhichao Zhang, Xiaoling Yang, Xiru Wu, Yuehua Zhang, Liping Wei. Postzygotic single-nucleotide mosaicisms in whole-genome sequences of clinically unremarkable individuals, Cell Research, 2014;24:1311-1327, doi: 10.1038/cr.2014.131. (2016 IF: 15.606)
  • Xi Sun, Liya Fan, Linlin Yan, Lei Kong, Yang Ding, Changjie Guo, Wei Sun. Deliver Bioinformatics Services in Public Cloud: Challenges and Research Framework, 2011 IEEE 8th International Conference on e-Business Engineering, 2011:352-357, doi: 10.1109/ICEBE.2011.42

专业认证

  • 遗传咨询:2018年10月-2019年3月期,第三届国际临床遗传学及遗传咨询培训课程结业,由香港中文大学、美国贝勒医学院、北京协和医院与中国优生科学协会联合主办并认证。http://www.cigcc.cn/查看证书

外语能力与获奖

  • 2011年:通过英语六级考试
  • 1998年:全国计算机奥林匹克竞赛获三等奖

学术交流活动

2011年、2015年:参加第4届和第8届中国R语言大会并做报告(内容为R语言高级用法)

主要项目经历

  • 癌症免疫治疗新产品研发,单位:臻和科技,时间:2017/9 - 至今

    该项目为公司未来的战略重点产品。本人带领研发团队,在现有积累的样本和测序数据的基础上,结合临床信息进行挖掘,同时也针对RNAseq、甲基化等多个方向的组学技术进行研发,以期实现癌症免疫治疗相关成果的临床转化。

  • 癌症临检产品研发及实施运维,单位:臻和科技,时间:2015/9 - 2017/9

    该项目为公司当前的主营业务产品。本人从无到有搭建起全公司所有高性能计算的软硬件设施,组建起目前整个生物信息部门团队,并带领该团队对癌症临床基因组学大数据进行挖掘,开发相关低频突变检测与注释算法工具,并形成临检产品。同时,还带领团队与全国上百家医院进行癌症领域的科研合作,为后续新产品研发打下基础。

  • 人类基因组数据分析,单位:北大生科院,时间:2011/1 - 2016/12

    该项目为本人的博士学位研究课题:使用新一代测序(NGS)和单分子光学图谱(BioNano)技术,鉴定人类基因组中的大尺度结构变异。主要涉及的技术包括:海量子字符串的索引建立及快速查询、海量数据的可视化、特征提取和机器学习。在整个课题进行过程中,既使用已有工具,也需要自行编写算法实现。对上述提及技术,本人均编写过相应的算法实现。此外,本人同时还深度参与了生科院和实验室的多台高性能服务器与集群的维护和调优工作。

  • 新一代智能防火墙引擎,公司:中科网威,时间:2010/1 - 2012/12

    该项目基于netfilter/iptables框架开发,在内核中实现应用层数据包深度分析,从而使防火墙设备能够更高效准确地对网络数据包进行过滤及审计。主要涉及的技术包括:内核数据包的重组和生存期控制、防火墙过滤条件项的重组及查询优化、不同层次网络协议数据包的解析。本人参与产品需求分析和设计,负责几乎整个框架及核心代码的实现,并带领团队进行数百个应用层数据包解析模块的开发。

  • 电子病历系统,公司:展华科技,时间:2006/8 - 2009/12

    该项目为医院信息系统(HIS)的重要子系统,目的是方便和规范医生书写病历,同时对所录入的病历信息进行结构化存储,以方便复杂的组合条件查询。产品为CS架构程序,使用PowerBuilder和MSVC++实现,通过ADO访问Oracle数据库。涉及的技术难度不大,主要难度在于业务逻辑的梳理、以及对需求变化的快速响应。本人负责了除文字录入控件外的所有功能的软件设计与开发工作。

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